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学校设有马克思主义学院、临床医学系、基础医学院、预防医学系、皇甫谧针灸学院、药学系、中医药系、护理系、公共课教学部和继续教育学院10个二级教学机构，设有图书馆、信息中心2个教学辅助机构，开设有临床医学、预防医学、针灸推拿学、儿科学、康复治疗学、药学、中药学、护理学、助产学、医学检验技术10个本科专业。

学校现有临床医学、护理学、医学检验技术3个省级一流专业建设点，建成《医学遗传学》国家级一流本科课程（线下）、9门省级一流本科课程、5门省级精品资源共享课程、4个省级教学团队。升本以来，获省级教学成果奖3项，省级教改项目52项；大学生创新创业训练计划项目国家级 34项、省级73项；厅局级以上各类科研项目223项，发表学术论文1347篇，其中核心期刊及以上论文206篇，主编、参编教材233部、专著38部，授权专利240项，各类科研奖励30项。

学校有1家直属附属医院、2家非直属附属医院、39个校外实践教学基地、4个社区基地、7个实验教学中心，其中省级实验教学示范中心4个。建有全国基层西学中能力建设带教基地、国家医师资格考试中医类别实践技能考试基地。直属附属医院建有全国住院医师规范化培训基地、全国肝炎患者教育基地、甘肃省骨科研究所平凉分所、甘肃省肝胆胰外科研究所平凉分所、兰州大学临床医学院肿瘤防治中心平凉分中心。

“十四五”期间，学校以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，全面贯彻党的教育方针，遵循高等教育规律和医学人才成长规律，坚持党建统领，走内涵式发展道路，努力建设以现代医学教育为主体，兼具传统医学传承特色，拥有完备教育教学体系，具备跨学科发展能力和产教融合实力，能够为健康甘肃提供强有力医药人才支持和智力支撑的新型应用型高等医学院校。